Trong lĩnh vực khí nhạc, nhạc sĩ Hoàng Vân có các tác phẩm như Fugue cho piano, Tổ khúc cho hautboy và piano, Rhapsodie cho violon, độc tấu kèn basson, Hành khúc con voi, độc tấu flute Vui được mùa, Hoa thơm bướm lượn, âm nhạc cho vũ kịch Chị Sứ, Concerto cho piano và dàn nhạc, thơ giao hưởng số 1 Thành đồng Tổ quốc, concerto TS và tình yêu, Đại hợp xướng Điện Biên Phủ,...cùng một số tác phẩm khác chưa công bố.